在农业生产中，科学施用微生物肥料对于提升土壤肥力、促进作物生长意义重大，具体施用要点如下：
1. 严格选肥：务必选用质量合格的微生物肥料。坚决杜绝使用质量欠佳、有效活菌数未达规定指标、杂菌含量超标或已过有效期的产品，这类肥料不仅无法达到预期效果，还可能对土壤和作物造成损害 。
2. 减少微生物死亡：施用过程中，要尽可能降低肥料中微生物的死亡率。菌肥应避免阳光直射，拌种操作需在阴凉处进行，拌种后应迅速播种，并及时覆土。此外，一般情况下，菌肥不可与有害农药及化肥混合施用，以免影响微生物活性。
3. 优化土壤环境：根据土壤条件进行调整，为微生物创造适宜的生存环境。在酸性土壤中施用时，需先中和土壤酸度，再进行施肥。土壤过于干燥时，应及时灌溉；大雨过后，则要及时排除田间积水，以此提高土壤的通透性，利于微生物繁衍。
4. 因地制宜用肥：依据不同的土壤和作物需求，推广应用不同类型的微生物菌肥。例如，根瘤菌肥料适宜在豆科作物上广泛施用，借助其与豆科植物的共生固氮作用，提高氮素供应；解磷、解钾类微生物肥料则更适合施用于养分潜力较高的土壤，促进土壤中磷、钾元素的释放。
5. 妥善储存：避免开袋后长期闲置不用，注意密封储存，防止菌种流失。开袋后若长时间不使用，其他细菌可能侵入袋内，改变肥料中的微生物菌群结构，进而降低使用效果。
6. 避开不利气候条件：高温干旱会抑制微生物的生存和繁殖，影响微生物肥料功效的发挥。因此，应选择阴天或晴天傍晚施用，并配合盖土、盖粪、浇水等措施，防止肥料受阳光直射或因缺水而失效。
7. 避免与未腐熟农家肥混用：未腐熟的农家肥在发酵过程中会产生高温，若与微生物肥料混用，高温会杀死微生物，从而严重影响微生物肥料的作用效果 。
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