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土壤微生物，主要指的是生活在土壤中的细菌、真菌、放线菌、藻类的总称，它们是土壤不可或缺的重要组成部分。这些细小到肉眼看不到的微生物，是土壤生物肥力的核心，也是土壤生命的重要“调控者”。
它们发挥着两个主要的作用：一方面，它们是土壤的‘厨师’，它们的生命活动可增加土壤中氮磷钾等营养元素的供应，帮助农作物顺利地吸收这些营养元素，并将土壤中一些不能被作物直接利用的物质转换成可利用的状态；另一方面，它们又是土壤的‘医生’，对土壤进行‘解毒’和‘保健’，调控和维护土壤的健康质量，最终实现土壤的可持续生产力的提升。正是因为它们的存在，土壤才有了灵魂。当然，这些土壤微生物对农业发展也有好坏之分，充当“厨师”和“医生”的，一般都是对农业有益的微生物。一旦土壤中好的微生物被坏的微生物所打败，那么土壤就会失去调控能力，就会生病。判断土壤生病的一个重要依据，就是看是否出现了土传病害。我们现在知道农作物的病害大致有两种，一种是空气传播的病害，一种就是土壤传播的病害。一旦土壤生病了，病虫就会出现，种在地里的农作物也就会生病，甚至死亡。只有健康的土壤，才会有健康的农作物，也才会有健康的食品。可以说，土壤的安全健康是食品安全的源头保证。而作为土壤调控者的微生物的作用自然不容小觑。未来农业发展，我们必须要让土壤微生物在农业生产中发挥出大作用。
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一是我国现有的耕地数量少，土地复种指数高，土壤的高强度使用使之得不到休养。
二是长期以来，我国实行作物重茬，这种耕作方式容易滋生病虫害，使得土壤土传病害日益蔓延和加重。三是长期不科学地施用化肥和农药，导致土壤中的各种有毒有害物质累积得越来越多，一些农药残留甚至进入了水体和食物链，并造成食品的安全隐患。
耕地跟人一样，也是需要休息的。光种地不养地，土地自然会生病。而近年来，不合理的化肥和农药的施用，更是让我们现在的土壤越种越瘦，失去了耕地应有的‘肥、活、健’，也给生态环境和农产品质量安全带来了挑战。耕地质量下降，跟其中有用的土壤微生物菌落的减少不无关系。
一个高肥力的土壤必须具有良好的团粒结构，为作物调控适宜的水、肥、气、热，为作物转化、保存并持续提供所需营养元素，其中发挥作用的就是土壤中生活的、每克土以亿计的微生物的作用。
现在，我们种地多施用的是化肥，
有机肥用得少，
有机肥实际上是土壤中微生物的养料，有机肥少了，土壤中的有机物流失了，微生物也就少了，而对于化学物质要求多的微生物则变多了，由此形成恶性循环，土壤肥力也就越来越差。如果不加改善的话，情况会越来越严重。
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如何让微生物发挥作用
尽可能地将动植物废弃物通过腐熟等技术处理后返回到土壤，促进土壤中的有益微生物大量繁殖。微生物将有机质分解，释放出营养元素，一面供植物利用，一面又合成自身细胞，保存营养元素不流失；微生物死亡后，营养元素又可被矿物化让植物利用，微生物不断循环过程，活化土壤。而让微生物繁殖的重要条件，就是要多施用有机肥，有机肥中的有机质有利于微生物的生长，它是微生物的养料。
有机肥的使用，是减少化肥依赖、培肥土壤的一条有效途径。多施用有机肥，实行秸秆还田，这也是我们农民几千年实践积累的经验。而要让微生物充分发挥作用，从根本上解决土壤的质量问题，必须在耕作制度和科学种植理念上做出改变。比如，未来发展，我们可以实行种地与养地相结合、豆科作物与其他作物间套轮作、豆科和禾科作物间作混播的科学合理的耕种方式，让土地尽可能地得到休养生息。
此外，还要倡导科学施肥。化肥对粮食增产的贡献非常大，科学施肥不是说不让施化肥，而是主张化肥和有机肥一起施。按照标准科学配比，达到增产增收又不污染环境的目的。
