土壤微生物多样性也会增加土壤营养的多样性，多样性从地表到地中地下微生物的活动中，自身会产生一系列的有机物质，来抑制或杀死与其竞争的微生物。如果一种细菌、病毒或真菌能够抑制其他有害微生物的生存.那么可能是这种植物与此种细菌、病毒或真菌存在共生关系，或者是为它们提供营养的植物、微生物存在共生关系，基础是：植物为特定的微生物提供有机元素化合物，促进生长，相应的微生物通过抑制病其它原菌、天敌的进攻，或者提供其他的有益微生物来保护植物。
据资料记载，植物大约30%以上的初级产物(指植物通过光合作用将CO2，转化为有机物的量)，以产出有机酸的方式融入土壤，因此，
有机肥生物肥料，也为植物提供大量的有机元素，而产生有机酸回补作物健康生长。
有机肥、生物肥完全可以用于有机农产品种植。有机肥、生物肥是绿色制品，生产微生物肥料的原料也是农副产品（次粮，谷物等）和天然（牛羊粪便、风化煤等、秸秆）的物质。用于农田的微生物肥料中的菌株都是来自于自然界，并且是用科学的方法选出的，对人、畜、禽、植物都没有有害性性的微生物。
比如月笙
碳菌肽素有机肥、生物有机肥料产品中的载体，选自无公害的农副产品（芝麻饼、花椒饼、木薯粉等），经过发酵腐熟后施入土壤中，会全部降解。作为微生物肥料主体的各种菌体在田间发挥作用后，特别是在作物采收后，大部分都因为营养，而死亡降解。
这也是微生物肥料并不是一次施永久益，应该连年使用的原因，但是有机肥生物有机肥中富含大量对于微生物活动有益的元素，可以使各种休眠的微生物菌复活功能增加；多年使用有机肥的经验得出，有机农产品种植对环境、土、肥、水，乃至风向都有一定要求，目前土壤改善最经济还是有机肥、生物有机肥，
果树、大田作物的丰产也与之分不开。有机农产品论证部门也赞成使用有机肥、生物肥。微生物肥料是有利于土壤环境可持续发展的有机绿色肥料。
科学严格的制作工艺与配方，高品质的原材料，30-45天、60-70摄氏度定期翻抛，彻底腐熟发酵才能保证质量，才能保证产品在土壤中的活性充分发挥，土壤生物的多样性结合有机质的增加，活性也会越来越高，土壤的活性及多样性会更加的丰富，更有益作物的生长及产量的提高。（专有名词来源中国土壤，内容参考绿皖田）
