有机肥主要来源于植物和(或)动物施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质。
它包括：多种有机物质、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
菌肥准确的讲它是菌而不是肥，因为菌肥本身主要含有大量微生物，在土壤中通过微生命的生命活动，改善作物的营养条件。多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产、防病抗病的效果。不同有益菌所产生的作用不同，如巨大芽孢杆菌：解磷（磷细菌），具有很好的降解土壤中有机磷的功效，泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力，枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮等。
现在不少棚室的土壤的理化性状都出现了不同程度的恶化，如缺乏有机质、盐分过高、pH值偏酸或偏碱等等，这些都不利于生物菌的生存和繁殖，如果土壤环境不好，那么使用再好的菌肥也不会产生好的效果。所以要注意调节土壤的理化性状，例如增加有机质，把土壤的pH值调整到在6.5~7.5之间等，生物菌才能发挥出效果来。
微生物菌肥中菌体类型大多数与有害菌类似，如果使用菌肥后在菌肥的持效期内频繁使用杀菌剂，势必会杀灭部分有益菌，造成菌肥效果的降低。因此，在使用菌肥后选择杀菌剂时要考虑到对生物菌的影响。
有机肥和菌肥的关系：
大多数人认为有机肥与菌肥是并列的关系，其实不然，他们是从属关系，并且是菌肥从属于有机肥。很多农户盲目的施用菌肥，但发现施用后效果并不明显，并将原因归咎于菌肥质量不好，但除个别黑心厂家以次充好外，最根本的原因还是土壤当中没有提供充足的有机质供微生物繁殖，有机质就相当于微生物的粮草，我们都知道兵马未动粮草先行，有机质是有益菌发挥作用的基础。并且当土壤中有充足的有机质时，即使不刻意施用菌肥，植物生长状况也十分良好，还可改良土壤，提高环境中二氧化碳含量，促进光合作用，提高作物光合产物的积累，起到增产提质的作用。“月笙”牌
碳菌肽素有机肥为进一步提高肥料功效，特在有机肥基础上添加了大量有益菌，来同时提高土壤中有机质和有益菌含量。
