微生物肥料生产条件和工艺过程与其它肥料间存在较大差异，菌肥生产中主要的技术有菌种（菌株）保存和选用、菌的发酵增殖扩繁、产品后的处理（混拌设备、烘干设备、造粒设备、包装（分装机）和质量检验等。要稳定持续生产出合格的产品，不仅需要配备相应的仪器设备和设施条件，而且要有一套可行的工生产工艺，在《农用微生物菌剂生产技术规程》（NY/T883-2004）中，对菌剂生产中所涉及的生产环境、生产车间、菌种、发酵增值、后处理、包装储运及质量检验等技术环节做出了具体要求。
不同种类微生物的生产和不同产品剂型对设备和工艺要求存在差异，在微生物的发酵增殖扩繁环节，可采用液体发酵、固体发酵、液-固两相发酵生产方法，与之相应的设备配备要求也不同。
微生物肥料生产一般需要清洁卫生技术含量较高的菌种生产车间。在此车间需要无菌室、配料室、多级发酵增殖装置、净化空气供气系统以及分离干燥系统和分装工段等。农村生产生物菌肥的企业可以向专门生产菌种的企业购买菌种，结合当地的市环境保护，利用农牧业废弃物，如畜禽粪便、农产品加工废弃物、秸杆等扩大生产运输量大的固态生物肥。生产生物
有机肥，主要应配备一台翻拌机，翻拌机有平地自由运行的柴油驱动和槽式电驱动，前者占地面积大保温差，在冬季仅限于华南地区使用、后者保温好单位面积产量高，但是一定的建槽资金，除此之外，根据具体情况，需秸秆粉碎机、运输车、包装设备等。
上海绿缘车间及实验室
上海绿缘生产基地，拥有先进的理化检测和生物检测仪器设备，拥有有机、无机实验室及万级净化微生物实验室。所生产的有机肥、生物有机肥、复合微生物肥等碳菌肽素系列产品，采用麻饼、木薯粉、栗子渣等高品质纯植物原料，经厌氧-嗜氧腐熟发酵而成，并特别添加枯草、地衣等芽孢杆菌，补充作物营养，并且可改良土壤，提高作物抗病抗害能力，克服了传统粪便有机肥抗生素、病虫卵、重金属超标等弊病，产品通过有机投入物认证，可用于有机农业种植生产。
