微生物肥料中起作用的主要就是菌，有些人对微生物肥料认识不够，总以为菌在起作用，所以菌的数量越多，起到的效果就越好。但是事实可不是想的那么简单。
不同菌种由于起到的作用也不一样，所以不一定含量高效果就好。而同种菌种，一般来说菌种含量越高越好，当然也有一个限度，不是说无限制的越高越好。
现在有些菌肥产品的包装上，为了吸引眼球，会标示上产品中含有几十甚至上百亿个菌，而现在能达到这么大含菌量的生产工艺与设备很少，而且成本也很高，更重要的是，这种产品根本不符合我国微生物肥料的生产标准。
目前市面上大致有
三大类微生物肥料，农用微生物菌剂、复合微生物肥料以及生物有机肥。每类所对应的标准规定中，都有对活菌数量的具体要求。
农用微生物菌剂的有关标准中规定：液体菌剂中活菌数大于等于2亿/ml，粉状大于等于2亿/g，颗粒状大于等于1亿/g。
复合微生物肥料的有关标准中规定：有效活菌数大于等于0.2亿/g。
生物有机肥的有关标准中规定：有效活菌数大于等于0.2亿/g。
由于微生物肥料越来越受到欢迎，很多不良商家为了赚钱，在生产的有机肥包装上标示含有菌种。
除此之外
有商家生产的也确实是微生物肥料，但为了更受追捧，会在包装上显著位置标出产品含有几百或者几千亿的菌种。这种说法会引起大众的歧义。
相关标准规定
因为如果按照微生物肥料生产的相关标准规定的话，一般只要1kg的产品的菌的含量就可以达到几百乃至上千亿。
不能片面判断
微生物肥料种类很多，而其中的菌种的种类更多。不同的功能菌，其生产成本也相差甚远。如果只看一类产品中菌的含量，就断定这个产品的好坏，这时十分错误的想法。
微生物肥料在生产中，需要载体来承载菌种。
假如选定的每个载体可以承载1亿个菌种，但是为了利益让其承受超过2倍、5倍甚至是10倍的菌种数时，就会由于空间的狭小，以及营养的缺失造成大部分菌种的死亡，使肥料原本的功效大幅度降低。
