作物长不好的原因是作物的根不好，作物的根不好是因为土不好，土不好是因为土壤里缺乏大量的有益微生物菌，所以解决当前土壤生态质量和作物产量的当务之急是在土壤中使用优质微生物菌剂。
正如国家苹果工程技术研究中心杨杰教授所说：“作物长不好的原因是作物的根不好，作物的根不好是因为土不好，土不好是因为土壤里缺乏大量的有益微生物菌，所以解决当前土壤生态质量和作物产量的当务之急是在土壤中使用优质微生物菌剂。”要使土壤恢复健康，应先知道土壤健康的标准是什么？土壤的组成是固相、液相、气相三类物质，主要包括矿物质、有机质、水分、空气和微生物。土壤中这三类物质互相联系、互相制约，是具有一定结构的有机整体。因此，土壤健康的标准也由这三类物质进行界定：健康的土壤中包括45%左右的矿物质、25%左右的空气、25%左右的水、5%左右的有机质和1%左右的微生物。
前不久，中央电视台播出了《被化肥“喂瘦”了的耕地》专题调查，报道再次指出了由于长期使用化学肥料，我国的土壤已经不再“健康”，土壤性状恶化、土地板结、土壤酸化、盐渍化、土壤微生物多样性被破坏等问题越来越突出，并直接导致了土壤贫瘠、地力衰竭等影响农业可持续发展。
在土壤生态如此恶劣的形势下，相关专家建议，向土壤中施入微生物菌对于改良土壤、提升地力、改善土壤生态环境、提高农作物产量和品质具有极其重要的作用。
一、微生物物菌剂为何能使土壤“药到病除，恢复健康”？
首先，微生物菌是真正意义上的土壤的“造就师”。
微生物通过代谢过程中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。对应于当前土壤中出现的通透性不强、保水保肥性差、地力差等问题，正是受土壤中的团粒结构、有机质、腐殖酸和腐殖质的影响，而这些物质的形成又受土壤中微生物的作用。
二、其次，微生物菌是土壤的“养分转化师”。
碳(C)是植物营养元素之首，占植物干物质的35%左右，作物生长需要大量碳，因为如下几种原因，土壤和农作物缺碳:
1、空气中二氧化碳(CO2)被植物叶片吸收经叶绿素光合作用转化为碳水化合物，进而与其他营养元素配位组合成植物的内部组织，是植物生长发育的基本规律。但空气中CO2浓度通常远低于光合作用所需的最佳浓度，所以正常白天光合作用水平都偏低。
2、夜间和阴雨天，没有光合作用植物不能靠CO2进行物质积累，
而不断进行新陈代谢又要消耗物质积累，这就在透支，造成严重缺碳。
3、大棚种植的上午至下午6~7个小时内，棚内CO2更稀薄，非常缺碳。
4、土壤有机质含量匮乏，不能从根部给植物补充碳，也不能培养土壤微生物。
所以给植物补碳，最好的方法是使用有机碳肥。
三、再者，微生物菌是土壤的“清洁师”
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，降低土壤污染的程度。
此外，土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传微生物对作物的危害，提高作物品质和产量。
当前，恢复土壤健康已经迫在眉睫，如果恶况再继续发展下去，我们将无地可耕、无粮可食、无水可饮、无衣可穿。”
微生物是土壤的重要组成部分并且是土壤生态系统的灵魂和中心，必将在土壤健康的恢复中发挥重要作用。
四、再者土壤中都有哪些有益微生物
土壤中的有益微生物比较多，有机肥的标准是2000万
1、枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
2、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。
3、解淀粉芽孢杆菌：分泌抗菌物质，产生拮抗作用，营养与空间的竞争，诱导寄主产生抗性和促进植物生长。
4、巨大芽孢杆菌：解磷（磷细菌），具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
5、胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
6、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。
7、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
8、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
9、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。
10、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
11、圆褐固氮菌：固氮、提高作物产量。
12、放线菌：拮抗病原菌防病壮菌的作用，分泌细胞分裂素促进作物的生长。
13、光合菌群：合成糖类、氨基酸类、维生素类、氮素化合物、抗病毒物质和生理活性物质等，是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
14、乳酸菌群：具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解，能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。
15、酵母菌群：合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质，促进其它有效微生物增殖所需要的基质(食物)提供重要的给养保障。
16、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
17、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素等，并将嗜热、耐热细菌、真菌、酵母菌菌株及相关分解酶复合而成，降解能力强，同时能够达到升温、除臭、消除病虫害、杂草种子和提高养分的效果。
18、黑曲霉：裂解大分子有机物和难溶无机物，便于作物吸收利用，改善土壤结构，增强土壤肥力，提高作物产量。
19、绿色木霉：是所产纤维素酶活性最高的菌株之一，所产生的纤维素酶对作物有降解作用，效果非常好，同时又是一种资源丰富的拮抗微生物，具有保护和治疗双重功效，可有效防治土传性病害。
20、哈茨木霉：用来预防由腐霉菌、立枯丝核菌、镰刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盘菌、齐整小核菌等病原菌引起的植物病害。
21、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生制剂。
22、白僵菌：在自然条件通过体壁接触感染杀死害虫。
23、绿僵菌：能够寄生于多种害虫的一类杀虫真菌，通过体表入侵作用进入害虫体内，在害虫体内不断增繁殖通过消耗营养、机械穿透、产生毒素，并不断在害虫种群中传播，使害虫致死。
24、EM菌：由双岐菌、乳酸菌、芽孢杆菌(地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等)、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺单独扩培、发酵、喷雾干燥而成的高效复合微生物菌种。