一、腐熟的
有机肥本身不会引起作物的肥害，但过量使用或成堆集中施用会跟无机肥一样引起肥害。
原因
①合格商品化
有机肥含水份很低，过多或成堆集中施用会导致作物根系吸水困难，使作物根系失水萎焉，发生烧根、僵苗、叶片畸形，严重时使作物逐渐黄化萎焉，甚至枯死。
②腐殖酸、氨基酸等具有很强离子的交换和吸附能力，过多或成堆集中施用，导致土壤中磷钾及其它盐份大量富集，使养份不平衡。同时，由于盐份富集，接触根系后加重浸透作用，使根系细胞液浸漏。
③过量或成堆集中施用，土壤中的硝酸根、氯离子等的积累聚集，导致作物硝酸盐、氯离子超标对根系的毒害。
二、未经堆沤熟、灭菌处理的生粪等有机肥
未经堆沤熟、灭菌处理的生粪等有机肥，施入土壤后重新发酵，产生高温以及大量有机酸，导致烧根及有机酸对根系的毒害；第二次重新发酵，微生物与作物争夺氮源，导致作物缺肥、断肥现象，引起作物生长不良、黄化、僵苗、僵果。
三、劣质有机肥
大量使用劣质有机肥，都容易对作物产生肥害，引起萎焉、黄化、僵苗等生理障碍。如以草碳加入大量无机肥的有机肥，施用后无机肥的烧根；含大量重金属的城市垃圾有机肥，施用后重金属对作物根系的毒害；未经调酸的糖厂滤泥的有机肥，施用后引起作物的酸害；未经去杂脱胶的糖蜜的有机肥，植物胶状物包裹根系阻碍水肥的吸收等。
