1、淋溶损失(淋失) ：肥料养分随着雨水与灌溉水进入土壤深层或因此从土壤中流失的现象称为淋失。越砂质的土壤，淋失的情况越容易发生。因此砂土施肥要避开大雨的天气，或过度灌溉。肥料成分中较易淋失的有硝酸态氮肥（含NO3）和尿素。
2、挥散损失（挥失）：铵态氮肥施于石灰质土壤会产生显著的铵气挥失。同样的情况也会发生在尿素施肥，因为尿素施肥后会先水解成铵态氮。在土壤呈厌气状态时（例如土壤浸水、土壤压实或土壤中新鲜有机质突然大增等状态），硝酸态氮肥会在微生物的作用下，还原成N2O和N2的气体状态逸出土体外，造成氮肥的损失。水田土壤的条件很容易发生脱氮作用，所以应施用H4-N肥，而不能施NO3-N氮肥。
3、冲蚀损失（蚀失）： 下雨容易造成土壤表面冲蚀，特别是坡地、裸露地受大雨冲蚀情况特别严重，土壤冲蚀结果不仅将根系吸收养分的表土冲走，也将肥料一起冲走。所以耕作时要尽量避免地表裸露。
4、磷肥被固定： 磷肥施用到土壤中后会和土壤溶液中的游离铁、铝、锰、钙等离子结合成难溶性磷酸盐，也会被土壤中的铁、铝、石灰等矿物质的表面活性成分吸收而变成难溶性的复杂固体，此等之作用称为土壤的磷酸固定作用。土壤的磷酸固定作用和土壤的酸性程度以及土壤矿物成分有关，土壤pH值6.0以下铁、铝、铜、锰盐类的溶解度增高，其金属离子的活性也增强，当遇到磷肥的水溶性磷酸根离子时就很快化合成难溶性的磷酸铁、磷酸铝、磷酸锰、磷酸锌、磷酸铜等，而让作物根系吸收不到磷肥。
5、土壤偏酸性或土壤偏碱性降低必需元素的有效性： 土壤pH值影响到作物营养要素的有效性，例如磷的有效性在pH6.5-7.5最佳，钙、镁、钼的有效性在pH6.5-8.0最佳，铁、锰、硼、锌、铜的有效性在pH5.0-6.5最佳。土壤微生物的活性受pH值左右，pH5.0-8.0都能活泼增殖，平均表现以pH6.0-7.0的环境下最佳。土壤微生物在土壤中分解粗大
有机质，释放出作物营养要素并形成腐植质，对土壤肥力提升的贡献很大。总之，
pH6.0-7.0是适合大多数作物生长的土壤酸碱度。
6、土壤缺水： 根系周围的土壤缺水不仅影响根的活动力，也影响到肥料盐的溶解，让作物吃不到肥料。常常由于耕耘方式不恰当，造成水分不易进入根圈土壤，虽然施肥和灌溉的动作都做了，作物还是吃不到肥料，此情形在果园容易发生。
