生物菌肥的施用其实没有太多的约束，因为生物菌肥本身是由有机质和菌构成。在没有施入土壤以前，其中的菌是属于休眠状态的。要说讲究也有这么几点：
1、在合适气温、地温下都可以进行。
虽然有温度的相关控制，但是我们在施用生物菌肥时都是在春天播种前和收茬时，还有秋季摘果后，各地气温地温一般都是在合理温度下的，不用特别介意。
2、施用方式
生物菌肥不能表土撒施。这是因为其中的菌在开袋后一般很快就会活化，也就是要在有机质或者土壤中进行菌群活动。如果没有相应的有机质作保障，菌类很快就会被晒死。所以，生物菌肥适宜挖坑施入或者开沟施入。以确保其菌群活性。
3、混施
生物菌肥是可以和大量元素肥料配合施用均衡营养，当然也可以和精制
有机肥、农家肥混施，这在很大程度上可以促进
有机肥料的进一步腐熟或者菌类平衡。
4、施用量
按照道理，生物菌肥也不能施入太多，主要是涉及菌类的平衡问题。可是从当前普遍土壤情况和土壤微生物情况和生物肥料中菌类情况看，没有特别的用量要求。只是从价值成本角度来控制施入量了。实际生产过程中
果树蔬菜作物要比大田作物施入的要多。
5、避免和杀菌剂接触
直接影响就是两者一接触会使生物菌肥中的菌类被杀死的可能。正常情况下也基本没有接触的机会。
生物菌肥已经是一种比较普遍且成熟的产品了，除了有效活菌的注意外，基本没有什么特别值得提醒的地方，用好生物菌肥一方面是为了培肥地力，一方面是为了矿化土壤中的无机元素，另一方面是为了平衡制约菌类，达到菌群平衡。
