一、商品有机肥比农家肥要更健康
商品有机肥经过腐熟、发酵等先进的生产工艺，杀死很多病菌、卵虫，这是农家肥所不具备的，而且农家肥存在许多缺陷：一是含盐分较多，容易使土壤盐化。二是粪肥养分含量不稳定，不能做到合理补肥。三是粪肥内若含有害物质、重金属物质时，仅凭借高温发酵不能去除。
二、商品有机肥更高效、便捷
商品有机肥比农家肥更高效体现在：改善土壤和作物品质;更便捷体现在：储存和施用上，便于储存，无异味。
商品有机肥具有洁净性和完熟性两大特点。商品有机肥在制作过程中不仅进行高温杀菌杀虫，通过微生物完全发酵，并且很好地控制氧气和发酵温度，使有机物质充分分解成为直接形成团粒结构的腐殖质等，同时产生的氨基酸和有益代谢产物得以保留。使用后不会产生对蔬菜有影响的物质。
三、商品有机肥营养分配更合理
商品有机肥中的各类养分是可调整的，可以针对不同的土壤状况使用不同养分含量的产品。而农家肥 则比例不定，营养含量也不稳定，不能针对性的去补充植物所需营养。
虽然说商品有机肥比农家肥有很多优势，但是施用方法也很重要，有些菜农使用商品有机肥后感觉不如农家肥有效果，这是因为使用的方法没有改变造成的。