在
有机肥发酵的过程中，遇到最严重的问题就是发酵不升温，发酵不升温就代表菌种没有起到腐熟发酵的作用，导致肥料发酵不成功。导致发酵不升温的原因有很多，例如水分过大、物料配比不合适、保温措施没有做好，接下来就从这些方面入手，解决发酵不升温的问题，使
有机肥发酵顺利完成。
1、水分过大
比如市面上比较常见的有机肥发酵原料——粪便，大部分的粪便例如鸡粪、猪粪、牛粪等水分都在60%以上，这个水分下进行发酵菌种的活性低并且没有氧气进入肥料堆，易造成发酵不升温。因此在以粪便为主料进行发酵时，必须搭配一些干物料调节水分，例如：可以添加麸皮粉、稻壳粉、花生壳粉等，将湿物料与干物料充分进行混合搅拌，使水分降低到45%左右，这一水分含量是最适的发酵水分，菌种的活性也最高，使发酵顺利进行温度快速提升。
2、物料配比不合适
有机肥发酵过程中起主要作用的就是有益微生物，而有益微生物在发酵过程中需要合适的碳氮比环境，只有在碳氮比在25~35:1的区间时，菌种的活性才可以被完全激发，功能性最强。因此有机肥发酵配比时需要注意碳氮比的调节，举例来说，使用牛粪与秸秆进行发酵时，由于牛粪与秸秆的碳源比例高，因此需要添加氮源进行调节。可以使用硫酸铵达到补充氮源的作用，每吨物料添加5公斤即可。
3、保温措施没有做好
在一些地区，例如东北或者华北地区，在冬季进行室外发酵时，由于环境温度较低，因此肥料堆过小的情况下即使温度上升的快，但是由于散热也较快，温度无法保持。在这一环境下，需要将肥料堆进行扩大，可以建成宽3米，高2.5米以上的肥料堆，这样温度才可以保持住进行杀灭有害菌和卵。在风力过大或者雨季时，需要在肥料对上覆盖草席子进行保温防雨。
在
有机肥发酵过程中，只有做好以上措施，并且采用科学的发酵管理模式，使用合格的发酵菌剂，才可以将肥料发酵成功。
